बीएचयू का ऑडिट करने के लिए नहीं कहा गया था लेकिन रिपोर्ट में उसका नाम है। AMU के अलावा पुदुचेरी यूनिवर्सिटी, इलाहबाद यूनिवर्सिटी, हेमवति नंदन बहुगुणा गड़वाल यूनिवर्सिटी, झारखंड की सेंट्रल यूनिवर्सिटी, राजस्थान की सेंट्रल यूनिवर्सिटी, जम्मू की सेंट्रल यूनिवर्सिटी, वर्धा का महात्मा गांधी अंतरर्राष्ट्रीय हिंदी विश्वविद्यालय, त्रिपुरा विश्वविद्यालय और मध्य प्रदेश की हरि सिंह गौर यूनिवर्सिटी का ऑडिट करने के लिए कहा गया था।

इंडियन एक्सप्रेस की खबर के मुताबिक, ऑडिट रिपोर्ट में लिखा है कि AMU का नाम सिर्फ अलीगढ़ यूनिवर्सिटी या फिर उनके फाउंडर सर सय्यद अहमद खान के नाम पर कर दिया जाए। इसी तरह बीएचयू के नाम में भी बदलाव की बात कही गई है। दोनों केंद्र सरकार द्वारा फंड प्राप्त करने वाली यूनिवर्सिटीज हैं। रिपोर्ट में एएमयू को सामंती सोच वाली यूनिवर्सिटी बताया गया है जो मुस्लिमों के लिए काम करती है। रिपोर्ट में और भी कई अनियमितताओं का जिक्र है।